1. A via transpapilar tem caído em desuso. No texto faço referência às recomendações dadas pelo guideline da ESGE que foi publicado em 2012. De lá para hoje, bastante coisa já mudou sobre esse tema. A drenagem transmural, de preferência com ecoendoscopia, é o método de eleição. A utilização de ecoendoscopia tem crescido bastante, e cada vez mais nos deparamos com novos equipamentos para auxílio na terapêutica ecoendoscópica. Se nos basearmos nas recomendações da ESGE de 2012, acredito que iremos realizar a drenagem transpapilar para pouquíssimos pacientes. Pois esse técnica foi recomendada para pseudocistos pequenos apenas (5 cm), e os pseudocistos que produzem sintomas geralmente são maiores que 6 cm. Atualmente a indicação recai mais na presença de sintomas, e não mais no tamanho do cisto. Outra desvantagem da técnica, como você bem levantou, é que apesar de a TC poder mostrar comunicação do pseudocisto com o DP a melhor maneira para descobrir a comunicação é com a pancreatografia durante a CPRE.

2. Apesar de haver sim esse risco teórico as publicações com essa técnica (década de 90 e início dos anos 2000) mostraram uma taxa de sucesso relativamente boa. Mas, novamente, a técnica transpapilar isoladamente com colocação de prótese no interior da coleção está em desuso. E atualmente a CPRE quando realizada em combinação com a drenagem transmural objetiva a colocação de uma prótese “em ponte” através do defeito do ducto pancreático.

3. Essa é uma ótima pergunta também Bruno!
A melhor resposta acho que é: utilize a prótese que você tem disponível e que também seja condizente com o cenário que você trabalha.
Num ambiente ideal, eu optaria sim por uma prótese metálica mesmo para o pseudocisto simples, por tornar o procedimento mais rápido, simples, e ter produzido evidência com maior taxa de resolução e menor taxa de complicações, quando comparado com o uso de próteses plásticas pig-tail. Esse foi um trabalho retrospectivo publicado em 2015 na GIE por Sharaiha et al (referência 6 do texto), com 230 pacientes com pseudocistos simples que foram drenados por endoscopia.
Abraço!